1、應用領域不同

  液相色譜儀只要求試樣能制成溶液，而不需要氣化，因此，不受試樣揮發(fā)性的限制。對于高沸點、熱穩(wěn)定性差、相對分子量大（大于400以上）的有機物（些物質幾乎占有機物總數(shù)的75%-80%）原則上都可應用高效液相色譜法來進行分離、分析。

  氣相色譜儀分離能力好、靈敏度高、分析速度快、操作方便等。受技術條件的限制，沸點太高的物質或熱穩(wěn)定性差的物質都難于應用氣相色譜法進行分析，一般對500℃以下不易揮發(fā)或受熱易分解的物質部分可采用衍生化法或裂解法。

  2、構造不同

  液相色譜儀主要有進樣系統(tǒng)、輸液系統(tǒng)、分離系統(tǒng)、檢測系統(tǒng)和數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)組成。

  氣相色譜儀由載氣源、進樣部分、色譜柱、柱溫箱、檢測器和數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)組成。進樣部分、色譜柱和檢測器的溫度均在控制狀態(tài)。